Kapucíni měli velmi prostý způsob pohřbívání, který odrážel jeden z rysů charismatu řádu: chudobu. Zemřelého bratra, oděného do řeholního roucha s cingulem a růžencem, uložili do dubové rakve s výsuvným dnem a po obřadech v kostele ho po schodech snesli do hrobky. Zde ho uložili na holou zem, pouze s kameny či cihlami pod hlavou. Rakev pak byla uschována pro další pohřeb.
Těchto sedmnáct bratří zemřelo v období prvního kláštera, který do roku 1645 stával za městskými hradbami, a byli pohřbeni do tamní hrobky pod kostelem. Když kapucíni dostavěli svůj druhý klášter, přenesli ostatky těchto zemřelých bratří do nové krypty. Toto slavnostní procesí se konalo 5. února 1656.
1604 br. Julius z Benátek, jeden z prvních bratří zakladatelů provincie
1613 br. Michael z Mnichova, klerik-novic, byl oblečen těsně před smrtí
1613 P. Cyprián z Lodi, do řádu vstoupil jako bohatý obchodník, přišel roku 1604 z Benátské provincie
1624 br. Damián z Prahy, student teologie
1624 br. Kosmas ze Švábska, student filozofie
1624 br. Serenus z Bavorska, student filozofie
1626 P. Lev z Polska, kazatel vynikající pokorou a trpělivostí
1626 P. Daniel z Brna
1628 br. Martin z Bavorska
1631 P. Archangel z Mnichova
1631 br. Iluminát z Bavorska
1631 P. Klétus z Bavorska, kněz-novic, před smrtí složil sliby
1639 br. Jakub z Korneuburgu
1639 P. Bazil z Prahy, konvertita z luteránství
1639 br. Josef ze Salcburku
1640 br. Ondřej z Vídně
1640 br. Lukáš z Bavorska
Dva bratři byli při službě bližním nakaženi morem a byli zřejmě oba pohřbeni při klášteře minoritů.
1614 br. Tibor z Friuli, je jedním ze třinácti zakladatelů zdejší provincie
1614 P. Mikuláš z Rebsteinu
Další dva bratři zemřeli v mezidobí, kdy první klášter byl už zbourán a druhý se ještě nezačal stavět. Tito bratři byli pohřbeni v kostele svatého Jakuba.
1645 P. Michelangel z Pasova
1646 P. Silván z Ambachu
V kapucínské knize zemřelých najdeme 149 jmen bratří, kteří žili v Brně a byli zde i pohřbeni. Období je ohraničeno rokem 1784, kdy císař Josef II. vydal nařízení o zákazu pohřbívání v hrobkách a v centrech měst. Je otázkou, zda tři bratři, kteří zemřeli následujícího roku, byli ještě pohřbeni v hrobce kláštera, nebo už na městském hřbitově. V seznamu je také uvedeno pět kapucínů, kteří zemřeli nakaženi morem. U jednoho z nich je přímo uvedeno, že byl pohřben ne v kryptě, ale na zahradě. Totéž předpokládáme i u dalších čtyř.
1657 P. Marin z Welsu
1660 br. Petr z Brna
1661 P. Germán z Bavorska
1662 P. Iluminát z Dillingenu
1664 P. Kalist z Heidendorfu
1666 P. Ambrož z Lince, byl úspěšným misionářem při rekatolizaci v Dolním Rakousku
1667 br. Felix z Glogówa, profes-jubilant
1669 P. Vojtěch z Kolína nad Rýnem, ve světě Václav Karel rytíř Zeller z Rosenthalu
1669 P. Albert z Českých Budějovic
1669 br. Jan Baptista z Frank
1669 br. Silvestr z České Lípy
1674 P. Maxmilián z Kremže, zasloužilý lektor studia v Brně
1675 P. Andronik ze Slezska
1676 P. Adrián ze Salcburku
1677 br. Leonard z Brna
1678 br. Modest z Horšovského Týna, student filozofie
1679 P. Rochus z Hraniček, zemřel morem
1679 br. Antonín z Děčína, student filozofie, zemřel morem
1679 br. Michael z Antverp, klášterní lékárník, zemřel morem
1679 br. Mikuláš z Tyrolska, zemřel morem
1679 P. Matouš z Teplé
1680 P. Gilbert z Českého Krumlova
1683 P. Edmund z Předhradí
1684 P. Arsenius z Lužice
1684 P. Cherubín z Cách, zemřel v Rosicích
1684 P. Klétus z Příbrami, student filozofie, zemřel morem a byl pochován na zahradě
1684 P. Marcelián z Čech
1686 P. Cyrinus z Waldsee
1688 P. Bazil z Bavorska
1688 br. Martin z Jihlavy
1692 P. Paschal z Čech, student filozofie
1693 P. Flavián z Horšovského Týna
1694 P. Ondřej z Brna, byl třikrát provinciálem řádu
1697 P. Melchior z Bavorska
1698 P. Klaudián z Libavé, student teologie
1699 P. Kandid z Českého Krumlova
1699 P. Zachariáš z Ústí nad Labem, apoštolský misionář v Míšni a Sasku
1700 br. Wolfgang z Lanškrounu, písař
1700 P. Valerián z Českého Krumlova, profes-jubilant
1701 br. Roman [Palatinus]
1702 br. Hipolyt z Jihlavy
1704 P. Gereon z Českých Budějovic
1708 P. Tertulián z Jihlavy
1708 P. Mořic z Chudenic
1709 P. Juvenál z Chomutova, student filozofie
1709 P. Medard z Tyrolska
1712 P. Bonifác z Prahy, kazatel v olomoucké katedrále, profes-jubilant
1712 P. Auxencius ze Starého Města na Moravě
1712 P. Rainhard z Jihlavy
1713 br. Kryšpín z Tyrolska
1713 br. Amand z Březové, klerik, student filozofie
1713 P. Petr z Pasova
1713 br. Abrahám z Českých Budějovic, student filozofie
1714 P. Didak z Jihlavy
1714 br. Jan Baptista z Rumburku
1715 br. Magnus z Horního Slavkova
1716 br. Elzearius z Wasserburgu
1716 br. Sebastián z Hustopečí
1717 P. Karel z Jihlavy
1717 P. Makarius z Českých Budějovic
1718 P. František Antonín z Jihlavy
1718 br. Julius z Nisy, trvalý klerik
1719 br. Chrysant z Fulneka, soukeník
1719 P. Adeodat z Moravy, ve světě Adolf rytíř ze Salawy, kněz-jubilant
1719 br. Pavlín z Bavorska, švec
1719 P. Pacifik z Roudnice,
1720 P. Klaudius z Jihlavy
1720 P. Markvard z Příbrami, profes-jubilant
1721 br. Primus z Olomouce, student filozofie
1722 P. Radim z Nisy
1723 br. Pius z Rumburku, krejčí
1724 P. Vilém z Brna
1725 br. Jodok z Jihlavy, soukeník
1725 P. Stanislav z Osečné
1726 P. Ezechiel z Brna
1728 P. Vincenc ze Svídnice, student filozofie
1729 P. Kristýn z Českých Budějovic
1729 P. Anicet z Horšovského Týna
1729 br. Petr z Vídně, lazebník
1730 P. Vojtěch z Chrudimi
1730 br. Kryštof z Náměšti, krejčí
1731 P. Kosmas ze Zvoleněvsi, student teologie
1731 P. Geminián z Lesznice
1732 P. Ludvík Antonín z Jihlavy, definitor a vikář, byl dvakrát provinciálem řádu
1732 br. Gothard z Jihlavy, zahradník
1736 P. Sebastián z Bambergu
1736 P. Emerich z Oloví, nedělní kazatel
1739 P. Felix z Brna
1740 br. Baltazar ze Znojma, profes-jubilant, soukeník
1740 br. Donát z Opočna, švec, profes-jubilant
1740 br. Šimon z Poysdorfu, poslíček
1740 P. Eustach z Čelákovic
1742 P. Cecilius z Police
1742 P. Florentin z Brandýsa nad Labem
1743 br. Paschal z Hostinného, soukeník
1743 P. Sancius z Jihlavy
1745 P. Josafat z Jihlavy
1746 br. Robustián ze Zákup, řezník
1746 P. František Antonín z Jihlavy
1746 P. Jakub z Litoměřic
1747 P. Wilibald ze Starých Hradů, profes-jubilant
1747 P. Makarius ze Sušice
1748 P. Arsenius z Prahy
1748 br. Severin z Vídně, krejčí
1748 br. Felicián z Českých Budějovic, kovář
1749 P. Pavlín z Mikulova
1749 P. Ludvík z Mostu
1750 P. Bruno z Děčína, kněz-jubilant
1751 br. Hugo z Jihlavy, soukeník
1752 br. Elzearius z Kynžvartu, krejčí
1755 P. Václav ze Strakonic, provinciál řádu, pětkrát definitor
1756 br. Anselm ze Šumperka, soukeník
1756 br. Jindřich ze Žatce, truhlář
1757 P. Donát z Prosiměřic, lektor
1759 P. Archangel ze Sokolova
1760 P. Baltazar z Pelhřimova
1760 br. Richard ze Schwechatu, řemenář
1760 P. Nazarius z Brna
1762 br. Florián z České Lípy, lékárník
1763 P. Adjut z Police
1765 br. Sebastián z Hustopečí, profes-jubilant, košíkař
1766 P. Klétus z Příboru
1767 P. Jan z Brna
1767 br. Medard z Vyškova, kupec
1769 br. Marián z Waldsassenu
1769 P. František Ludvík z Brna, profes-jubilant, zpovědník a duchovní správce v nemocnici u sester Alžbětinek
1771 br. Viktor z Příbrami, lékárník
1771 P. Andronik z Nového Jičína, provinční kronikář, provinciál, profes-jubilant
1772 P. František Josef z České Lípy, lékař, šestkrát provinční definitor, kustod, zasloužilý vizitátor provincie
1772 P. Benignus z Würzburgu, profes-jubilant
1773 P. Antonín z Brna [příjm. Grimm], generální archivář římské kurie, římský kustod, dvakrát provinciál řádu
1776 P. Jan Petr z Troubska, slavnostní kazatel
1776 br. Bonaventura z Horšovského Týna, krejčí
1777 P. Achác z Nového Jičína
1777 P. Daniel z Chebu
1778 br. Bazil z Mündelheimu, profes-jubilant, lazebník
1778 P. Simplicián z Bohdanče, byl dvakrát provinciálem řádu
1779 br. Karel z Náchoda, lékárník v klášteře
1780 P. Stanislav ze Šatavy, novicmistr, profes-jubilant
1780 P. Maturus ze Znojma, kazatel v katedrále
1780 P. Isarius z Butovic, zasloužilý kustod a provinční vizitátor
1781 P. Peregrin z Nového Města na Moravě
1782 P. Geminián z Krásna, profes-jubilant
1784 P. Florián z Laay, provinční sekretář
1784 P. Anicet z Poudran, ve světě Tobiáš Felix Gerstl
1784 P. Natanael z Nového Města na Moravě, zasloužilý lektor z Gerstenfeldu, profes-jubilant
1785 br. Richard z Vilémova
1785 P. Amand z Lucemburku, sliby skládal v Lucembursku
1785 br. Serapion z Fulneka, soukeník
Requiescat in pace.
Vysvětlivky: br. = bratr laik; P. = pater, bratr s kněžským svěcením; profes-jubilant = bratr, který byl v řádu více než padesát let; definitor = rádce provinciála.
Kompletní seznam všech zesnulých členů provincie kapucínů, tzv. nekrologium, naleznete zde.